Yann Aguila est conseiller d'Etat, assesseur à la Section du contentieux du Conseil d'État.
Membre du Conseil d’Etat, Yann Aguila en a été le secrétaire général adjoint et a assuré les fonctions de commissaire du gouvernement près l'Assemblée du contentieux, la Section du contentieux et les sous-sections réunies du contentieux du Conseil d'État
Il enseigne le droit public à l'Institut d'études politiques de Paris.
Il est professeur associé à l'Université Panthéon-Sorbonne (Paris I) où il enseigne notamment le droit de l'environnement.
Diplômé de l'École nationale d'administration (promotion Jean Monnet (1990)), il intègre le Conseil d'État la même année et rejoint, en 1994, le cabinet du secrétaire général du gouvernement (Renaud Denoix de Saint Marc puis Jean-Marc Sauvé) en tant que conseiller technique.
Il est alors nommé commissaire du gouvernement. Il devient, en septembre 1995, conseiller juridique du président de la République du Sénégal (Abdou Diouf puis Abdoulaye Wade). Il réintègre le Conseil d'État en février 2001. Il a notamment conclu sur les affaires du Clémenceau et KPMG (2006) ainsi que sur l’arrêt Commune d’Annecy (2008).